Krvotvorne matične stanice primjenjuje se u liječenju hematoloških bolesti, kao što su leukemije i limfomi, teška zatajenja koštane srži (aplastična anemija) i teški oblici zatajenja imunosnog sustava (imunodeficijencija). Sposobnost matičnih stanica da pomognu obnavljanju drugih stanica i tkiva otkrivena je nedavno, što će možda otvoriti nove mogućnosti u liječenju i mnogih drugih bolesti.